空调长时间使用的时候，需要经常去清洗，而新风系统也同样是这样的，不过人们有时候想并不记得要清洗。新风系统清洁从国产的PV管材来看，在弯头的很多地方容易沾染大量灰尘等，如果总是不清理，还有出现再次污染的情况，所以一定要注意经常去做清洗工作。
新风系统的过滤网和空调的过滤网一样，会沾染不少的粉尘，所以需要经常清洗，时间可以在半年进行一次，可以选择用清水冲洗，脏的比较严重的，可以使用软毛刷蘸上性质温和的清洗剂去清洗，并放在通风的地方自然晾干了，但注意不能在太阳下暴晒，或是用火烤等。还可以使用吸尘器去清理等。对于高效滤网不能清洗只能换，这点用户需要注意按照说明上的具体要求去做，自己不知道怎么操作可以请专业的工作人员帮忙完成。
室内风口上，容易堆积大量的灰尘，特别是排风口这个位置，更容易被弄脏了，正确的做法是使用干净的湿布去擦拭，经常检查检查，看到脏了，就尽早擦拭，不要等到堆积太多了才去。但是对于比较危险的地方，自己不能去做的，尤其是高空作业，用户自己爬上去，实在是危险，需要请专人去维护才是正确的做法。
风管内壁是需要经常清洁的，一般用户自己做不了，所以应该请专业的人员去做，必要的时候需要使用专用的清洗工具去清洗，从而让内部的粉尘减少，对居家生活更为有利。还有系统内部的热交换机芯也需要经常清洗，机芯千万不能用水去冲洗，小心损坏了内部的零部件，在使用的时候，发生危险。
对于不同型号的新风系统，在清洗的时候，还需要注意一些特殊的要求，那些较为高端的新风系统，还涉及到各种传感器的定期校正等，不过用户自己不要动手去做，而是要请专业的人员帮忙操作，小心因为擅自行动造成了对设备的不良影响，甚至影响到了正常使用。